حکومت مذهبی رژیمی است که در آن به جای رجال سیاسی، رجال مذهبی، مقامات سیاسی و دولتی را اشغال می کنند و به عبارت دیگرحکومت مذهبی یعنی حکومت روحانیون بر ملت. آثار طبیعی چنین حکومتی یکی استبداد است، زیرا روحانی خود را جانشین خدا و مجری اوامر او در زمین می داند و در چنین صورتی مردم حق اظهار نظر و انتقاد و مخالفت با او را ندارند. یک زعیم روحانی خود را به خودی خود زعیم می داند، به اعتبار اینکه روحانی است و عالم دین، نه به اعتبار رای و نظر و تصویب جمهور مردم، بنابراین یک حاکم غیر مسئول است و این مادر استبداد و دیکتاتوری فردی است و چون خود را سایه و نماینده ی خدا می داند، بر جان و مال و ناموس همه مسلط است و در هیچ گونه ستم و تجاوزی تردید به خود راه نمی دهد بلکه رضای خدا را در آن می پندارد؛ گذشته از آن برای مخالف، برای پیروان مذاهب دیگر حتی حق حیات نیز قائل نیست. آنها را مغضوب خدا، گمراه، نجس و دشمن ِ راه دین و حق می شمارد و هر گونه ظلمی را نسبت به آنان عدل خدائی تلقی می کند. خلاصه حکومت مذهبی همان است که در قرون وسطی کشیشان داشتند و ویکتور هوگو آن را به دقت ترسیم کرده است. اما در اسلام چنین بحثی اصولا مطرح نیست زیرا عمال حکومت مذهبی در جامعه ی اسلامی وجود ندارد. سازمانی به نام روحانیت (Clergé) نیست و کسی "روحانی حرفه ای" نمی شود. در اسلام میان مردم و خدا واسطه نیست. هرکس مستقیما با او در تماس است. تحصیل علوم مذهبی در انحصار عده ی خاصی نیست. تحصیل علم بر هر فردی از زن و مرد به قدر لازم واجب است، و اصول اعتقادی مذهب تقلید بردار نیست و تبلیغ مذهبی و اصول اخلاقی یک وظیفه ی عینی و عمومی است و افراد خاصی رسما مامور این کار نیستند. بنابراین آخوند رسمی، روحانیت رسمی، مبلغ رسمی، مقلد رسمی، مفسر رسمی، جانشین رسمی، شفیع و واسطه ی رسمی وجود ندارد. همه سربازند و در عین حال مبلغ خلق و رابط با خالق و متفکر منفرد و مستقل و مسئول اعمال و عقاید و مذهب خویش. این است آن بعد اندیویدوآلیستی و لیبرالیسم انفرادی اسلام که آمریکا افتخار خود را در انتساب دروغین خود بدان مکتب می داند و این است مبنای دمکراسی انسانی که آزادی فرد در برابر قدرت و مرکزیت جامعه تامین می شود.

دکتر شریعتی